Ιερός Ναός Ιάσονος και Σωσίπατρου περί το 1000 

Το σημαντικότερο μνημείο της μέσης Βυζαντινής περιόδου (καθολικό Μονής στα μεταβυζαντινά χρόνια). Ένα από τα αρχαιότερα δείγματα δικίονου σταυροειδούς εγγεγραμμένου ναού (ορθογώνιας εκκλησίας με τρούλο) και ένας από τους καλύτερα σωζόμενους ναούς αυτού του τύπου στην Ελλάδα. Ο συνηθισμένος τύπος Ναού κατά τους 11ο - 14ο αι. παρουσιάζεται στο συγκεκριμένο μνημείο μερικές ιδιομορφίες. Οι τρεις αψίδες που προεξέχουν ανατολικά δεν έχουν το ίδιο σχήμα. Το τρίβηλο με το οποίο ο νάρθηκας επικοινωνεί με τον κεντρικό χώρο αποτελεί παλαιοχριστιανική επιβίωση. Ο οκτάπλευρος τρούλος μετασκευασμένος τον 17ο αι. παρουσιάζει στις ακτές του εσοχές με ενδομημένους κιονίσκους. 
Ο ναός είναι κτισμένος χαμηλά με μεγάλους πωρόλιθους από τα ερείπια της αρχαίας πόλης και ψηλότερα με το πλινθοπερίκλειστο σύστημα δομής (ορθογώνιοι λίθοι που περικλείονται από σειρές πλίνθων). Στους οριζόντιους αρμούς παρεμβάλλονται οδοντωτές ταινίες ενώ στους κάθετους τούβλα λαξευμένα με κουφικά γράμματα, αποτελώντας μέρος της πλουσιότατης κεραμοπλαστικής διακόσμησης. 
Το κτιστό μπαρόκ τέμπλο (18ος αι.) μορφούμενο από κυματιστή επιφάνεια με ελλειπτικά στοιχεία και τμήματα ορθομαρμάρωσης, φέρει αξιόλογες μεταβυζαντινές εικόνες. Οι δύο μεγάλες φορητές εικόνες των εφέστιων αγίων ανήκουν στον Ε. Τζάννε. Τα σωζόμενα σπαράγματα τοιχογραφιών ανάγονται στους 11ο και 14ο αι. Εξωτερικά το προόκτισμα στη Β.Δ. γωνία, ανήκει στην μεταβυζαντινή περίοδο και χρησιμοποιείται ως κατοικία του ιερέα. 

Ιερά Μονή Αγ. Θεοδώρων. Μεταξύ 5ου - 6ου αι. 

Παλαιοχριστιανικό μνημείο, σε άμεση γειτνίαση στα ερείπια του ναού της Αρτέμιδος Γοργούς. Τρίκλιτη βασιλική, περιορίστηκε στα μεταβυζαντινά στο μεσαίο κλίτος, που αποτελεί και το σημερινό καθολικό γυναικείας μονής. Χαρακτηριστικό της παλαιοχριστιανικής φάσης είναι η ημικυκλική αψίδα με βαθμιδωτή στέγη και τρίβολο τοξωτό παράθυρο με βαριές αναλογίες. 
Μετατροπή της Εκκλησίας σε μονή, που πραγματοποιήθηκε πιθανότατα τον 16ο αι. με ελεύθερη τετραγωνική μοναστηριακή αυλή (σύμφωνα με το τυπικό των καθολικών συγκροτημάτων). Η αυλή πλαισιώνεται με τοξοστοιχία αναγεννησιακής μορφολογίας σε δύο ορόφους στις τρεις πλευρές, ενώ η τλεταρτη συντίθεται από το καθολικό και το κωδωνοστάσιο. Ιδιαίτερο χαρακτηριστικό της όλης μορφολογίας αποτελεί η ύπαρξη δύο πύργων οχυρωματικού χαρακτήρα του συγκροτήματος . Η διαπίστωση τρίκλιτης φάσης αποδεικνύεται σήμερα στο εσωτερικό του ναού από την ύπαρξη σφραγισμένων τοξοστοιχιών. 

Βασιλική του Ιοβιανού και Περιβάλλων χώρος. 5ος αι. 

Το σημαντικότερο μνημείο Παλαιοχριστιανικής περιόδου. Πεντάκλιτη ή τρίκλιτη βασιλική, οικοδομημένη πάνω σε ερείπια Ρωμαϊκής Αγοράς, με εξέχον εγκάρσιο κλίτος, μια ημικυκλική αψίδα, δύο νάρθηκες και προκτίσματα. Περιορίστηκε τη μεσοβυζαντινή περίοδο στο μεσαίο κλίτος. Επεμβάσεις τον 16ο και 17ο αι. Η μακρόχρονη πορεία του μνημείου όπως διαπιστώνεται από τη σωρεία επάλληλων ορατών μέχρι σήμερα επεμβάσεων, αλλά και η σύνδεση του ως ‘Μεγάλης Εκκλησίας’ με την Παλαιόπολη, προσδιορίζουν την ιδιαίτερη σημασία του μνημείου. Παναγία Νερατζίχα. 11-12ος αι. 

Σε μικρή απόσταση από τη Μονή Αγ. Θεοδώρων. Πύργος των αρχαίων τειχών που μετατράπηκε σε ναό. Σώζεται μόνο ο βόρειος τοίχος. Η βυζαντινή προσθήκη στο αρχαίο τείχος είναι κτισμένη με αμελή πλινθοπερίκλειστη τοιχοποιία, με χαρακτηριστικά τρία τοξωτά αψιδώματα. 

Μονή Παντοκράτορα στο Ποντικονήσι. 11-12ος αι. 

Δικιόνιος εγγεγραμμένος σταυροειδής Ναός (καθολικό της Μονής) με πλάγιες κόγχες (τρίκογχο κτίσμα), με τρίπλευρη αψίδα ιερού και μικρό τρούλο που στηρίζεται σε οκτάπλευρο τύμπανο. Μεσοβυζαντινά γλυπτά είναι εντοιχισμένα στην τοιχοποιία, την οποία κρύβουν μεταγενέστερα κονιάματα.